细菌性疾病

大部分在新生幼犬中的传染性疾病都由它们生活环境里的细菌造成的，因此首要的预防措施就是严格控制产仔环境的卫生状况。统计数据显示接近15％的新生幼犬会在出生的15天内死亡，一半是由于难产和呼吸问题，另一半则是由于传染性疾病。

新生儿败血症可能会影响整窝的幼犬，致病菌往往存在于分娩区或母犬的产道，这就意味幼犬在出生时就受到了感染。某些在母犬生殖道中的细菌(如支原体菌)可能具有破坏性。在受感染的几天内，幼犬就会得病，往往表现为不停地哭叫，以及拒绝吃奶。这时应尽快地使用抗生素，尽管这并不一定能阻止幼犬死亡。

还存在其他更多的局部细菌感染。比如脐炎，未经消毒的脐带在产后的几天会受到感染并充血。这种状况会恶化为腹膜炎(腹部感染)，因此切不可掉以轻心。兽医需要将抗生素注入腹膜内，对脐带进行彻底消毒与定期检查，这些措施能十分有效地防治脐炎的发生。

当母犬的口腔受到污染(口腔炎或牙石)，或是幼犬外面覆盖着细小的干燥且交叉感染的胎盘碎片，幼犬的身体会出现不同程度的脓疤(新生儿脓皮症)。此时幼犬必须用杀菌香波清洗，甚至和母犬隔离。

幼犬在15天左右会睁开眼睛，而新生儿眼炎会导致幼犬眼球肿胀，挤压时会流脓。兽医应及时打开幼犬眼孔，用眼药清洗其眼睛，否则，幼犬会变盲。

病毒性疾病

最知名的新生儿病毒性疾病是犬疱疹病毒。患这种疾病的成年犬几乎没有任何症状，偶尔会有生殖系统(不育不孕，生殖器粘膜产生疣疹)和是呼吸系统(咳嗽，流鼻涕)的问题。

先天性畸形

根据犬的品种，l％至15％的新生幼犬有可能患先天性疾病。如果是内部疾病(如心脏缺陷)，只能在死后剖检才能确定。而另一些则是十分明显的外部疾病，如脑水肿，颚裂(有无兔唇)，肛门闭锁(幼犬不能排泄粪便)。后两者可以通过手术来矫正。

幼犬衰弱症候群

该术语覆盖了一系列范围的问题，如幼犬难产后恢复不良，隐性的先天性畸形(肌肉性疾病或酶促作用紊乱)，未察觉的传染性疾病，先天性胸腺缺陷，等等。

所有这些状况并不对应某一个诊断，而是更多地描述了幼犬的成长状况。只有剖检才能发现幼犬死亡的原因，从而避免类似情况再次发生。

母乳感染和中毒

当母犬存有细菌，通常是慢性乳腺炎所致，细菌和毒素会进入到乳汁里而被幼犬吸食。一些天后，幼犬会开始哭叫，拒绝哺乳，同时会有腹泻和肛门炎症等症状，很快奄奄一息。繁育者应考虑把它们与母犬隔离，并人工喂奶，直到兽医确认乳液是否已无害。

为了将出现疾病的风险最小化，有必要请兽医检查产仔后的母犬，通过触诊母犬腹部以检测母犬腹内没有残存任何物质。拿不准时，可以通过X光或超声波扫描等方式来检测。同样，为了去除产仔后残留在母犬子宫的残留物，多数繁育者会在最后一只幼犬产下后，给母犬注射微量的催产素荷尔蒙(子宫产后12小时内仍对此敏感)，或采用同种疗法复合物以清空母犬子宫。